İlçe, adını Kocaeli Körfezinde yer alan ilk iskelenin bulunduğu mevki anlamında kullanılan "Başiskele” den almıştır. Başiskele, daha önce ilçe sınırları içinde yer alan ve ayrı ayrı belediye statüsündeki; Bahçecik, Yeniköy, Karşıyaka, Yuvacık ve Kullar beldelerinin 2008 yılında çıkarılan 5747 sayılı Kanunla tüzel kişilikleri kaldırılarak sınırları birleştirilmiş ve yeni bir ilçe haline gelmiştir. Bu nedenle ilçenin tarihçesini ilçeyi teşkil eden köy, belde ve kasabaların tarihçeleri oluşturmaktadır. Yapılan araştırmalarda, yöre tarihinin; milattan önceki yıllara kadar uzandığı tespit edilmiştir. Daha sonra Yunanistan ve Trakya bölgesinde yerleşik Bithynia'lıların tebaası içinde yer alan ve M.Ö. 712 yılında bölgeye göç eden Megara'lıların bugünkü Seymen ve Başiskele yöresine yerleşmesiyle başlar. Megara'lılar yerleştikleri bu bölgeye; o dönemlerde körfezde bol miktarda bulunan ve halkın sosyal ve ekonomik yaşamı üzerinde çok etkili olan Istakozlara atfen "Astakoz" adını verir. Bugün ilçeye de adını veren Başiskele'de kurulan körfezin ilk limanı dönemin en önemli limanı olmuş, Megara'lılar liman sayesinde kısa zamanda zenginleşerek "Astakoz" adı altında bir site (kent) devleti haline gelmişlerdir. Ekonomik olarak çok güçlü hale gelen Astakoz site devleti, kendi adına bir yüzünde Istakoz, diğer yüzünde tanrıça Olbia'nın resmi olan para basmıştır. İlk Astakoz parası halen İstanbul Arkeoloji müzesinde sergilenmektedir. Astakoz, M.Ö. 300 yılına kadar bağımsız bir devlet olarak yaşamış, 262 yılından sonra da bölgede hüküm süren Bithynia Krallığına dâhil edilerek krallığın en önemli kenti haline gelmiştir. Dönemin Bithynia Kralı I. Nikomedes, savunması daha kolay olan ve liman olmaya daha uygun bulduğu bugünkü İzmit'i kent merkezi haline getirmiş, kentin adını kendi adına atfen Nikomedia koymuştur. Nikomedia, o tarihten itibaren hızlı bir şekilde gelişerek Bithynia Krallığının başkenti haline gelmiştir. Bölge, 1078 yılında Selçukluların egemenliği altına girmesine rağmen, Haçlı seferleri sırasında Roma-Bizans hâkimiyetine geçmiştir. Bursa bölgesini ele geçiren Orhan Gazi tarafından 1337 yılında fethedilerek Osmanlı topraklarına katılmıştır. Bu fetihler sırasında Akçakoca Bey ve Süleyman Paşanın önemli gayretleri olmuştur. İlçe tarihçesi içinde Bahçecik önemli bir yer tutar. Roma döneminde Nikomedyaİznik yolu üzerinde stratejik bir yer olarak tanımlanan "Basileia" bugünkü Bahçecik'tir. Bir rivayete göre Bahçecik isminin; Osmanlı devleti tarafından Sivas ve Bitlis bölgesinden getirilerek bölgede iskân edilen Ermeni dilinde aynı anlama gelen "Bârzıdağ"dan geldiği söylenmektedir. Sultan III. Murat döneminin sadrazamlarından Sinan Paşa tarafından, İzmit Körfezi'nin Sapanca Gölü ve Sakarya Nehri ile birleştirilmesi amacıyla uygulamaya konan bir projede görevlendirilmek üzere Sivas ve Bitlis bölgesinden 30 bin civarında usta ve amele getirilmiştir. Bunlar arasındaki Ermeniler, bugünkü Bahçecik, Akmeşe, Arslanbey ve Yuvacık’ta iskân edilmişlerdir. İpek Böceği, Tütüncülük, Odun, Odun Kömürü, Balık Salamurası, çinicilik ve Bakırcılık gibi el sanatları ile eğitim konusunda çok önemli gelişmeler kaydeden Bahçecik, İstanbul'daki Ermeni aydınlarının yazlık olarak kullandığı mekân haline gelmiş ve çok gelişmiştir. Bahçecik kadar olmasa da benzer şekilde eski adı "Ovacık" olan bugünkü "Yuvacık" bölgesinde de Ermeni aileler yerleşik olup ipek böcekçiliği, kerestecilik, hayvancılık ve el sanatları gibi işlerle uğraşıyorlardı. Yuvacık ile Bahçecik arasındaki bölge ile dağ tarafındaki bölgelerde özellikle Karadeniz ve Kafkaslardan gelmiş Türkler yerleşmişlerdi. Bölgenin bugünkü halini alması ağırlıklı olarak Kurtuluş Savaşı'ndan sonraki dönemlere rastlamaktadır. Yunan ve İngiliz ordularının işgali ile zor günler geçiren bölgenin savunmasında milli kuvvetleri destekleyen Gökbayrak taburu komutanı Cemal Bey’in, Kara Fatma’nın (Fatma Seher hanım), Zoboğlu Hasan ve Servetiye Müfrezesinde Mahmut Nedim Bey ve arkadaşlarının önemli katkıları olmuştur. Savaş boyunca Yunan ve İngiliz ordularının yanında yer alan bölgedeki Ermeniler, savaşın kaybedilmesinden sonra 1921 yılından itibaren bölgeyi terk etmiş, yerlerine Karadeniz ve özellikle Balkanlardan gelen Türk aileler yerleştirilmiştir. Türk ailelerin yerleştirilmesinden sonra göç almaya başlayan bölgede bugünkü Başiskele İlçesini oluşturan yerleşim merkezleri de oluşmaya başlamıştır. Kullar bunlardan biridir. Başiskele ilçesinin kurulmasından önce belediye statüsünde olan Kullar'ın güneyindeki Paşadağı mevkiinde eski bir kalenin bulunduğu bilinmektedir. Önemli bir geçiş ve güvenlik noktasında bulunan Kalenin bir gözetleme ve kollama merkezi olarak kullanıldığı, buna atfen de yörenin "Kollar" olarak anıldığı bilinmektedir. Zamanla “Kollar” isminin "Kullar" olarak değişime uğradığı kabul edilmiştir. İlçe tarihi içinde bugünkü Yeniköy’ün de önemli bir yeri vardır. Roma döneminde "Neocorı", Osmanlı döneminde yeni köy anlamına gelen Karye-i Cedit olarak anılan köy bugün "Yeniköy" olarak anılmaktadır.